Най-често диагностицираните заболявания в центъра за бежанци в Харманли са пиодермия (гнойно възпалително кожно заболяване, причинено от бактерии) - 36 случая, скабиес (краста) - 26, варицела - при 18 деца от 1 до 8 г., остра вирусна инфекция - 15, дерматит - 16 случая. Това съобщиха от ВМА след прегледи от специалисти в центъра. 

Според заключението на лекарите единственият случай с подозрение за лайшманьоза – кожна форма, не представлява епидемиологичен риск.

На 18 и 19 ноември 2016г. лекари от Военномедицинска академия извършили медицински прегледи на настанени в регистрационно-приемателния център за бежанци в  Харманли. Участвали са полк. доц. Георги Попов от Клиниката по инфекциозни болести, д-р Весел Кантарджиев – началник на Клиниката по дерматология и венерология, и д-р Айлин Шеф - дерматолог.

Прегледите били проведени в медицинския пункт на бежанския център със съдействието на директора на центъра Димитър Захариев. Прегледани били общо 128 заболели: 91 мъже, 16 жени и 21 деца. По-голямата част били от афганистански произход - 106-има, сирийски - 12, иракски - 8, и 1 от ирански произход.

Нежеланието на бежанците да съдействат на административните органи в центъра води до разпространение на заболяването скабиес и усложнени форми на протичане, заключават още от ВМА. Съвместно с директора на регистрационно-приемателния център бяха набелязани адекватни противоепидемични и терапевтични мерки за справяне със заразните заболявания сред бежанците.